Kapıdan içeri girildiğinde kuzey hendeği diye adlandırdığımız bölüme ulaşılır. Kapının iç tarafında üçlü bir arma grubu yer almaktadır.

Bodrum kalesinin duvarlarında 249 arma vardır. Ayrıca 16 arma da müze bahçesinde sergilenmektedir. Bu armalar genellikle birbirlerine benzemektedir. Asılları boyalı olan bu armaların boyaları silindiği için bir kısmının kime ait olduğu bilinememektedir. Armaların üzerlerinde haçlar, düz veya yatay bantlar, ejder ve aslan figürleri bulunmaktadır. Kale burçlarında bulunan armaların bazılarında boya izleri hala görülmektedir. Fransız kulesinin kuzeydoğu üst köşesindeki bayrak üzerinde, doğu duvarı, seyirdim yolunun Fransız kulesine bakan tarafında, Sen Katerin kabartmasında renk izlerine rastlanmaktadır.

Kalenin I. kapısının iç tarafında bulunan, üçlü arma grubunun ortasındaki arma, kale komutanı Jacques Gatineau´ya aittir. Armaların altındaki Latince yazıda "İnanç, Katolik kilisesi adına burada Gatineau tarafından korunacaktır." denmektedir. Bu arma grubunun solunda, kapı lentosunun üzerindeki aslan Hellenistik Çağa aittir.

Aslı bir arma köprüsü olan tahta köprüden, eğimli taş yola ulaşılır. Hendeğin içi liman yapılmadan önce kısmen deniz suyu ile dolmaktaydı. Sağdaki moloz duvar, kale hapishane olarak kullanıldığı zaman ilave edilmiştir. Kalın duvarlı, çatısı eğimli, büyük yapı top koruganıdır. Hendeğin batıdan gelecek hücumlara karşı korunması için, üzerindeki armalardan anlaşıldığına göre 1513´te yapılmıştır. Top mazgalları, hendek ve liman yönünde görülmektedir. Limana girecek teknelerin su kesimine ateş edebilmek amacıyla deniz seviyesine yakındır.

Günümüzde kuzey hendeği Bodrum Festivali´nin yapıldığı, tiyatro oyunlarının oynandığı bir alan olarak değerlendirilmektedir. Oturma kademelerinin gerisinde, hendeğin arkasında görülen mezar Roma Devrine aittir.

II. kapı üzerinde en tepede taçlı bir kartalın bulunduğu üçlü bir arma grubu yer almaktadır. Üçlü arma grubunun solunda tek bir arma yer almaktadır. Bu kapının solunda iptal edilmiş bir kapı bulunmaktadır. Üzerinde iki arma bulunmaktadır. II. kapı geçildikten sonra küçük bir avluya varılır. Avlunun denize bakan yönünde içi dolgu olan liman kulesi bulunmaktadır. Top koruganının girişi de buradadır. Kapı lentosu üzerinde imparator Hadrianus´la ilgili Yunanca bir yazıt vardır. Top koruganı halen sanat galerisi olarak kullanılmaktadır.

III. kapı çok iyi korunmuş bir kapıdır. Duvar içerisinde aşağıdan yukarıya doğru hareketli demir levha için kapı boşluğu ve yağ delikleri vardır. III. kapı üzerinde bize göre solda iki arma bulunmaktadır. Tarikatın arması, sağda üstad-ı azam Guy de Blanchfort´un (1512-1513) arması vardır. Alttaki haçlı armanın hangi şövalyeye ait olduğu bilinmemektedir.

Bu kapıdan geçilince batı hendeğine ulaşılır. Sağda görülen beden duvarındaki yeşil taşların tümü Mausoleion´dan getirilmiştir. IV. kapının karşısındaki liman kulesi nişi içinde bir Romalı komutan heykeli bulunmaktadır. Bu tür heykel gövdelerine çokça rastlanmaktaydı. Bunların başları da ayrı yapıldığından yeni komutan geldiğinde, eski komutanın başı alınarak gövdeye yeni komutanın başı konuyordu.

IV. kapı merdivenli bir tonoza açılır. Kapı üzerinde dört arma bulunmaktadır. IV. kapıdan yukarı çıkmak yerine, batı hendeği içindeki iki taraflı ağaçlıklı yolda ilerlendiğinde, antik Halikarnassos ve çevresinden toplanmış sunaklar, lahitler ve çeşitli eserler izlenir. Solda su deposundan başlayan taş duvar XIV. yüzyıl ortalarında yapılmış Türk Kalesi´ne aittir. Şövalyeler sonradan Mausoleion´un taşlarıyla burada izlenebileceği gibi, duvarları yükseltmişler ve kaleyi büyültmüşlerdir. Şövalyeler hendekleri ulaşım yolu olarak kullanmamışlar, asma köprülerle iç kaleye ulaşmışlardır. Hendeğin kapatıldığı güney duvarı üzerinde Mausoleion´un yeşil taşlarından yapılmış asma köprü ayağı görülebilir. Ayağın iki yanındaki duvar, kale hapishane olarak kullanıldığında yapılmıştır. Hendeğin sonundaki taş merdiven de sonradan ilave edilmiştir.

Merdivenin sağında duvar üzerinde görülen kabartmada Saint George´un ejderhayı öldürmesi gösterilmektedir. Bu kabartmanın orijinal yeri burası değildir. İç kaleden, İtalyan kulesinin kuzey duvarından getirilmiştir. Saint George figürünün altında üç arma görülmektedir. Merdiveni çıkınca karşımıza gelen kapı üzerinde, ortada Piere d´Aubusson´un tarikat haçı ile birleşik arması bulunmaktadır. 1476-1503 yılları arasında Rodos´ta üstad-ı azam olarak görev yapmıştır. Bir çok kere de Bodrum Kalesi´ni ziyaret etmiştir. Kendisine sığınan Cem Sultan´ı tutsak ettiği için papa tarafından kardinal başlığı rütbesiyle ödüllendirilmiştir. Arma üzerinde püsküllü kardinal başlığı görülmektedir. Arma sarı zemin üzerine çatallı kırmızı haçtır. Bundan başka iki arma daha vardır.

Kapıyı geçince sağda görülen küçük kule, asma köprünün kontrol kulesidir. Bu kulenin batıdaki dış duvarı yüzünde II. Mahmut´un tuğrası vardır. Üzerinde hicri 1235 tarihi okunmaktadır. Bu tuğra, sol alttaki Malta haçından da anlaşılacağı gibi bir şövalye armasının üzerine yazılmıştır.

İç kaleye girmek için geriye dönülüp, dar yol takip edilmelidir. Solda kale duvarının üzerinde, yüksekçe bir yerde bir arma grubu vardır. Bu arma ile ilgili bir fotoğraf sonradan kapatılmış mazgal deliklerinden birinde sergilenmektedir.

VI. kapının üzerindeki Latince yazıtta "Efendimiz uyurken bizi koru, uyanıkken kurtar. Senin koruman olmadıkça bizi kimse koruyamaz." denmektedir. Yazıtın altında üçlü bir arma grubu bulunmaktadır. Bu kapıdan geçilince kalenin güney bölümüne ulaşılır. Burada çevre duvarı iki tanedir. VII. Kapının karşısında su yalağı olarak kullanılmış iki lahit bulunmaktadır. VII. kapı üzerinde üçlü bir arma grubu vardır.

Kesik tonozlu bir koridorla iç kaleye girilir. Bu koridorun altında bir sarnıç bulunmaktadır. İç kale girişi üzerinde de bir önceki arma grubu işlenmiştir. İç kalede ve şapelin altında ondört sarnıç vardır. Kale muhasara edildiği zaman, gerekli su bu sarnıçlardan sağlanabilmiştir. Bu sarnıçlardan bazıları halen kullanılmaktadır.

İç avluda antik dünyanın ve yörenin tüm ağaç ve çiçeklerini görmek mümkündür. Bunlardan biri defnedir. (Grekçe´si daphne, Latincesi laurus). Anadolu´da zakkum diye bilinen bu ağaç çiçekleri ve yaz kış dökülmeyen yaprakları ile kaleyi süslemektedir. Kralların ve soyluların gölgesini sağlıklı buldukları çınar ağacı kalenin orta avlusundadır. Antik dünyada çok önemli yeri olan zeytin ağacı ile pek çok törende kullanılan mersin de yetiştirilmektedir. Mersin Afrodit´in kutsal ağacı idi. Kuşlardan güvercin, çiçeklerden de gül Afrodit´e adanmıştı. Güvercinlerin selamlamalarıyla karşılaşmak ve gül kokularını duymak belki de kaleyi gezenlere Afrodit´i anımsatacaktır. Adam otu tükenmekte olan bir bitkidir. Bu yüzden kalede itina ile yetiştirilmektedir. Bu otun tıpta anestezide kullanıldığı bilinmektedir. Yaz boyunca en güzel moru açan ipek karanfilleri, her türlü rengi olan gülfatmaları (sardunya), çeşitli kaktüsleri, begonvilleri ve Kıbrıs akasyasından, çam, gölge ağacı, nar ve duta kadar Akdeniz iklimine uygun her türlü çiçek ve ağacı kalede görmek mümkündür.